其后，李渊开始对朝廷三省六部九寺等中枢机要机构进行大换血。

六月初六，尚书省右仆射萧瑀因病外放为蒲州刺史，擢升太子洗马魏徵为尚书右丞，代理右仆射之事务。

六月初八，刑部尚书刘政会徙任洪州都督，刑部侍郎刘德威徙任为绵州刺史，大理少卿韩仲良徙任秦州刺史，大理寺正孙伏伽徙任同州司马。

六月初九，原太子左庶子、大理卿郑善果升任刑部尚书，尚书左丞崔善为升任大理卿，次日即诏令郑崔二人负责调查审理“安陆王遇害案”与“九子失踪案”。

六月十二，太子詹事、黄门侍郎裴矩升任民部尚书，太子少保李纲出任门下省侍中，擢升太子舍人赵弘智为中书侍郎，起用原太子中允王珪为黄门侍郎、原太子左卫率韦挺为兵部侍郎。

只短短的几天时间里，李渊便将以前亲附秦王的人几乎全部踢出了朝堂，并提拔诸多原太子建成僚属取而代之。

紧接着，他为了避免皇宫安全再出漏子，又着手对“关中十二军”和“元从禁军”进行大刀阔斧的人员调整，先是任命左骁卫大将军马三宝为华州道骑官将军、左卫将军冯立为宜州道天节将军，填补长孙顺德和樊世兴死后空缺下来的位置，然后一纸诏令废除了益州大行台，以原行台仆射窦轨为大都督，设置益州大都督府，召右卫将军韦云起、左领军将军郭行方等非武功王派系的将领回朝执掌北门屯兵，负责招募和训练健儿加强禁军实力。

至此，这位大唐的开国皇帝通过一系列及时有效的补救措施，将皇权牢牢地掌握在自己的手里，可谓完美再现了他过去那种“决神机而速若疾雷，驱豪杰而从如偃草”的巅峰状态。

但，这场由皇权争斗所引发的人伦惨剧，终究还是给初创的大唐王朝刻下了难以泯灭的伤痕。

七月初一的朔日朝会上，悲痛难以释怀的李渊史无前例地追尊皇太子李建成为“文恭皇帝”，追赠齐王李元吉太尉，谥号“靖烈”，并诏令天下缟素七日，以天子之礼同时厚葬文恭皇帝和齐靖烈王，次日武功王李世民委托太常卿窦诞上表请求亲自抬送李建成灵柩至墓所，李渊当即同意了他的请求。

出殡之日，时逢盛夏，天气异常闷热，在众人视线里消失了一个多月的李世民肩扛棺木，累得满面通红、汗流浃背，李渊见状有些于心不忍，怕他痼疾发作，先后派淮安王李神通、赵郡王李孝恭乃至高士廉、褚亮等原秦王府僚属上前劝说，结果均遭到了李世民的拒绝。

行至半途，忽然电闪雷鸣，暴雨倾盆而下，李世民依然咬牙坚持抵达了安葬地点，随后扶着棺椁嚎啕哭诉，指天发誓自己没有存心伤害兄弟，也没有谋杀安陆王，更没有掳走九个侄儿，言辞极尽哀痛与忏悔之意，哭得撕心裂肺，甚至数次晕死过去，太医们为此忙活了好一阵子，才保得他性命无虞。

暴雨洗去了无数的污浊，却无法洗涤李世民身上的罪行。

所有在场者都看得出来，李世民在葬礼上的表现，的确是出自真情实意，但也不排除这是他为了挽回父子关系，从而争取到东山再起之机，所作出的一场卖力表演14166阅

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