就算是降低了标准，申时行也没有能达到目的。有一些自命为体现正气的年少新进，坚持“四书”中所教导的伦理观念，对7年京察的做法表示了极大的不满。其中有一个顾宪成，所提出的抨击尤为尖锐。他和他的志同道合者决心要检举缺乏能力和操守的官员，而不惜重新撕破申时行所苦心缝补的破绽。申时行的对付办法就是把他调往外省。

所以，在立储问题还没有对京官形成普遍压力的时候，他们的内部关系已经十分紧张了。张居正的强迫命令固然失败，申时行的调和折衷也同样没有成功。在北京的两千多名文官中间，存在着对伦理道德和对现实生活的不同态度，互相顾忌而又互相蔑视。有的人出身寒微，把做官看作发财致富的机会；有的人家境丰饶，用不着靠做官的收入维持生活，自然就不会同意和允许其他人这样做。“四书”，拿来做职业上的口头禅，有些人却一丝不苟，身体力行。另外有一些人彷徨于上述两者之间；也有一些人由于人事的牵涉参与了对立的阵营。

文官之间的冲突，即使起因于抽象的原则，也并不能减轻情绪的激动。一个人可以把他旁边的另一个人看成毫无人格，他的对方也同样会认为他是在装腔作势地用圣贤之道掩饰他的无能。而眼前更为重要的是，立储一事绝不是抽象的原则，而是关系到文官们荣辱生死的现实问题。因为，凡是皇帝的继承权发生争执并通过一场残酷的冲突以后，胜利者登上皇帝的宝座，接着而来的就是指斥对方伪造先帝的旨意或是暴戾无道；因为九五之尊必有天命和道德做背景。如果不经过这一番左右舆论的工作，自己的胜利就不能名正言顺。而他手下的拥戴者，也总是要请求新皇帝以各种凶狠的手段加之于他们的对方，才能顺逆分明；自己流芳百世，政敌则遗臭万年，各有分晓。这种情形，在本朝的历史上至少已经发生过两次。

第三个登上皇位的永乐皇帝，如所周知，是用武力夺取了侄子建文皇帝的江山。在起兵的时候，他就大肆制造了洪武皇帝本来要传位于他、建文皇帝只是矫诏嗣位的说法。功成之后，他又大批杀戮了拒绝拥戴他的廷臣和他们的家属。第六代正统皇帝，在和蒙古瓦刺部落作战的时候被对方俘虏。廷臣和皇太后商量之后，拥立他的异母荣登极，是为景泰皇帝，俾使瓦刺不能以当今天子被其拘禁而作为谈判的要挟。最后瓦刺由于无利可图，只好把正统皇帝送回北京。一个国家不能同时存在两个皇帝，于是正统被称为太上皇，表面上在南宫优游岁月，实则乃系软禁。7年之后，拥戴太上皇的夺门复辟成功，改称天顺。功成之后，拥立景泰的臣僚受到了残酷的对待。被戮于西市的，就有功劳卓著的兵部尚书于谦。

7年表面上平静无事，可是很多文官已经预感到如果皇储问题得不到合理解决，历史的惨痛教训必然会在他们身上重演。今天无意中的一言一语，一举一动，将来都可以拿来当作犯罪的证据。就算他们谨慎小心，缄口不言，也可能日后被视为附逆，未必一定能明哲保身。然而并不是所有的人都害怕这样的危险，有的人却正好把这危险看成表现自己刚毅正直的大好机会。即使因此而牺牲，也可以博得舍生取义的美名而流芳百世。因此，除了接二连三地递上奏章以外，他们还刻印了富有煽动性的小册子和传单，闹得北京城沸沸扬扬。

万历在他御宇的后期，已经清楚地看到自己不能避免历史的指责。他与臣僚不和，同时又是一个不负责任的君主，这已成为定案。既然无意于做积极有为的君主，现实又无可逃遁，他只能消极无为。然而由于他的聪明敏感，他又不能甘心充当臣僚的工具，所以即使消极，他仍然顽强地保持着自己的性格。