可是对于这一问题，中枢的唯一办法，就是责成总理河道的御史妥善处置；其中技术上的问题和人力物力的动员，都需要这位钦差大臣在他职责范围之内就地解决。根据过去的经验，大规模整理河道，地区往往涉及数省，有时填高凿低，等于改造地形。在这样巨大的规划之中，自然会有意见纷纷，莫衷一是。有时尚未开工，争执已起。所以中枢虽不直接领导工程的设计和进行，但是它所采取的立场，却必然对全盘形势产生决定性的影响。如果一个总理河道的御史执行他的规划尚未及半，突然被参免职，而他的继任者又采取完全相反的主张办事，则百万生灵，就可能牺牲在这种官僚政治之下。

首辅申时行所赏识的治河专家是潘季驯。这位专家提倡“河道紧缩说”。黄河所以为害，原因是河沙淤集，河道不通。对于这一点专家们都无异说，但在解决的方案上则有截然不同的主张。有人建议加宽河道，他们认为河道宽则水流畅。潘季驯则以为河道宽则流速小，流速愈小则泥沙沉淀的机会愈多，经过若干年月之后，河床就会愈积愈高。他主张，应该选择重要的地段把河道收紧，同时把附近的清水河流用人工疏凿引入黄河，以增加黄河的流速，照这样的办法，可以不需要经常疏浚而可以“自浚”。“建堤束水，以水攻沙”，就是他归纳上述方针而概括成的八字箴言。他又建议，河堤不能几十里、几百里相连不绝，应该预先在河水汹涌的地方留出缺口，而在缺口之后筑成第二、第三道的“遥堤”，和第一线的河堤之间构成“含水湖”。大量河水在缺处突破第一线，流至遥堤，流速已经降低而储蓄在这些人工含水湖中，就不致扩大其危害。

在河堤合龙和迫使河水改道的工程中，潘季驯使用“柳辊”作为有力的工具。这种柳辊通常长150尺，圆周20尺，制作的方法是先用植物和泥土像织地毯一样构成长块，再用大树和绳索造成中心卷架，然后把这块“地毯”卷在架上，用大树枝和大绳索四周拥紧。这一用泥土、树枝制造的大圆柱体遇水可以膨胀，因而不致被急流冲走。每一柳辊由成百上千的民工拖运到选定的地点，当地尚有上装大石块的舢板，早已准备停当。柳辊就位，舢板凿沉。随着一声号令，大批的民工，把他们已经摆在肩上的泥土以最快的速度堆放在这仓碎抢护而成的土堤上。待到决口堵塞，再逐步把堤坝加固。很多地段日后还加砌花岗石，远望一线白色，颇为美观。

对这样规模浩大的工程，中央政府无力支付所有的费用。通常发给的款项，仅能在初步设计时作筹组全局的办公费。兹后总理河道的御史被派为当地的总督，有的还带有尚书、侍郎的头衔，以便于他在许多府县征用人力物力。所有的民夫、工具、粮食、医药和交通、通讯等等都要就地通盘筹措。所以，这一位总理河工的大臣除了工程经验之外，还必须要具有操行无可疵议的记录，这才能深孚众望，动员这许多府县的地方官，指挥如意。

潘季驯过去治河多年，无论经验或者声望都符合上述条件。他在4年已官至刑部尚书，当时为了代张居正的家属求情，触犯圣怒，因而被革职为民。7年黄河几处决堤，开始的时候委派了一个没有多大声名的官员采取了若干紧急处置。年，在讨论总理河道大臣一职人选的时候，潘季驯的名字有人提到，但没有人敢向皇帝作坚决请求。正好这时候皇帝自己提出这一职务应当由“老成才望”的人充任，所以申时行才示意给事中荐举起复潘季驯，事情得以顺利通过。申时行还怕有人议论，又正好万历召见他面询其他政务，他就在谈话中插进了“皇上留意河道，拔用旧人，一时在任，皆称谙练”这些话。这谈话纪录一经给事中办公室抄写公布，潘季驯之出任“总督河道兼理军务”一职，也就等于出自皇帝自己的主意，反对他的就不能随便议论了。自此在申时行任首辅的年月中，潘季驯一直负责治河，成绩卓著。而到申时行离开文渊阁以后不久，他也被参劾而再度罢官。