此时嘉靖的健康已经欠佳，他曾经动过退位为太上皇的念头，可是这种放弃天下职责的做法，在本朝又并无先例。在1566年阳历2月底，他左思右想，气愤难平，终于下令锦衣卫把海瑞逮捕到东厂禁锢。刑部议决对海瑞按儿子诅咒父亲的律例处以绞刑，然而嘉靖皇帝在以前虽然批准过许多人的死刑，在这时候却没有在刑部的建议上作任何的批复，因此，海瑞就在狱中住了10个月。

有一天，狱中忽然设酒肴相待。海瑞以为这是临死前的最后一餐，他神色不变，饮食如常。提牢主事悄悄告诉他，皇帝业已升遐，新君不日即位，你老先生乃是忠臣，一定会得到重用，海瑞听罢，立刻放声号哭；号哭之余，继以呕吐。

1567年年初隆庆皇帝登极，海瑞被释出狱。对他的安排立即成了文渊阁大学士和吏部尚书的一个难题。他的声望已为整个帝国所公认。他当然是极端的廉洁，极端的诚实，然而从另外一个角度来看，也可能就是极端的粗线条，极端的喜欢吹毛求疵。这样的人不会相信为人处世应该有阴阳的分别，他肯定会用他自己古怪的标准要求部下和上司。对他应该怎么分派呢看来比较稳妥的办法是让他升官而不让他负实际的责任。于是，在不长的时期内，他历任尚宝司丞、大理寺右寺丞、左寺丞、南京通政司右通政，官至正四品。这样一个闲曹自然不能令海瑞满意，因为他是伦理道德的坚决信奉者和实行者，对国家和人民具有高度的责任感。

1569年年初的京察，按照惯例，凡属四品以上身服红袍的官员都应当作出自我鉴定。于是海瑞在奏折中说：陛下既然赦免了我的死罪，又对我破格擢升，在所有的文臣之中，没有一个人会比我更加迫切地要求报答陛下的恩典。接着，他谦虚地声称自己才浅识疏；又接着，他表示自己现任的职务只是专管查看呈奏给皇帝的文书，看罢以后原封发送，既无财政责任，又用不着下左右全局的决心，但是连这样的一个位置还不称所职，所以不如干脆把我革退。

这样看来，海瑞并不是完全不懂得阴阳之道的精微深奥。他阳求罢免，阴向管理人事的官员要挟：如果你们真的敢于罢黜我这样一个有声望的、以诤谏而名著天下的忠臣，你们必然不容于舆论；如果不敢罢黜我，那就请你们分派给我能够实际负责的官职。

文渊阁和吏部终于向他低头。当年复天，海瑞被任命为南直隶巡抚，驻扎苏州。且不说这里是全国最富庶的地区，即使是一般地区，任命这样一位不由进士出身的人担任巡抚，也已属于罕见。但是这一地区历来号为难治，以海瑞的性格而就任斯职，有识见的人早就料到必然引起不良的后果。事实不出所料，8个月之后，他遇到劾参而被迫退休。