然而在这易代的前夕，李贽又如何为自己打算呢即使其时李贽还不是古稀的高龄，他也用不着考虑这个问题了。因为问题已经为礼科给事中张问达所解决。张问达递上了一本奏疏，参劾李贽邪说惑众，罪大恶极。其罗织的罪状，有的属于事实，有的出于风传，有的有李贽的著作可以作证，有的则纯出于想当然。其中最为耸人听闻的一段话是：“尤可恨者，寄居麻城，肆行不简，与无良辈游庵院。挟妓女白昼同浴，勾引士人妻女入庵讲法，至有携衾枕而宿庵观者，一境如狂。又作观音问一书，所谓观音者，皆士人妻女也。”接着，给事中提醒万历皇帝，这种使人放荡的邪说必将带来严重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不足恤。”此外，由于李贽妄言欺世，以致佛教流传，儒学被排挤，其情已形极为可怕：“迩来缙绅大夫，亦有唪咒念佛，奉僧膜拜，手持数珠，以为律戒，室悬妙像，以为皈依，不知遵孔子家法而溺意于禅教沙门者，往往出矣。”而最为现实的危险，还是在于李贽已经“移至通州。通州距都下仅四十里，倘一入都门，招致蛊惑，又为麻城之续”。

皇帝看罢奏疏之后批示：李贽应由锦衣卫捉拿治罪，他的著作应一律销毁。

在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦此人和李贽也有交往早已在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在7年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中引用佛经，但是在1599年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他正在精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨刹进香求福，而好几次大赦的诏书中，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。

但是另一方面，李贽之所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能的后果作为现实的罪行，也是本朝司法中由来已久的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉到了道德的根本。

从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久久不作批示。

一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。侍者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已不能出声，他用手指在侍者掌心中写字作了回答：

问：“和尚痛否”

答：“不痛。”